In kassen waar veredeling en onderzoek plaatsvindt, kunnen kosten voor een WKK-installatie (inclusief gaskosten) aftrekbaar zijn van de belastingen.
Dat blijkt uit een uitspraak van het College van Beroep voor het Bedrijfsleven. Een Nederlandse veredelaar kon de kosten voor haar WKK aftrekken en kreeg daardoor een fiscaal voordeel van een half miljoen euro. Het bedrijf werd wel gekort op de geleverde elektriciteit aan het netwerk. Het bedrijf had in 2012 de totale WKK-kosten als aftrekpost aangemeld (circa 850.000 euro).
Voor gasketels op het bedrijf kon volgens het ministerie van Economische Zaken niet voldoende worden aangetoond dat de gaskosten uitsluitend voor ontwikkelingskosten waren gemaakt. De aangeleverde boekhouding overtuigde ook de rechter niet in deze beroepszaak.
Via de fiscale regeling RDA (Research en Development Aftrek) stimuleert het ministerie van Economische Zaken ondernemers meer te investeren in onderzoek. Hiermee wil het ministerie bijdragen aan meer innovatievermogen en een stevigere concurrentiepositie van Nederlandse bedrijven. De Rijksdienst voor Ondernemend Nederland is verantwoordelijk voor de uitvoering. De RDA-regeling bestaat naast de WBSO, gericht op verlaging van de loonkosten.