Veel betrokken bedrijven en instanties hebben geen warme gevoelens voor de topsectoren. Tuinbouw en uitgangsmateriaal is één van de negen topsectoren, een structuur die tot meer innovatie moet leiden.
Te veel betrokken bedrijven en instanties zien de topsectorenaanpak als financiële steun voor de gevestigde orde, als verkapte bezuinigingen of als een greep in de kas voor wetenschappelijk onderzoek. Veel regionale overheden, mkb-bedrijven of hogescholen voelen zich niet betrokken. Ook is de innovatiedoelstelling niet voldoende duidelijk gemaakt. Zo wordt steeds vaker gesproken over internationale maatschappelijke vraagstukken, waar bij de start in 2010 nog nauwelijks over gesproken werd. Dat blijkt uit het onderzoek Balans van de topsectoren door het bureau Awti (Adviesbureau voor wetenschap, techniek en innovatie).
Volgens de onderzoekers heeft het topsectorenbeleid een zeer ingrijpende en verstrekkende verandering bewerkstelligd in het innovatiebeleid. Er kwam een nieuwe complexe organisatie en andere stimulering via fiscale regels in plaats van subsidies. De onderzoekers van Anwi denken dat tien jaar uitgetrokken moet worden om het innovatiebeleid te laten slagen. Die tijd is nodig om te wennen aan het beleid, maar in de tussentijd moeten wel zaken veranderen om bijvoorbeeld hogescholen meer te betrekken in de topteams en kleine bedrijven te koppelen aan de grotere bedrijven. Geen makkelijke opgave, stellen de onderzoekers.