Verwondering over Nederlandse opstelling Clavibacter

Het moet mogelijk worden gemaakt om genetische profielen van Clavibacter te herleiden naar herkomst van zaadproductie.

Volgens onderzoeker Johan van Vaerenbergh van het Vlaamse Instituut voor Landbouw en Visserijonderzoek (ILVO) is het een gemiste kans dat in Nederland de NVWA en zaadbedrijven die stap niet willen zetten op dit moment. Echter, zo’n onderzoek zou door een gebrek aan genetische gegevens gemakkelijk tot onjuiste conclusies kunnen leiden, stellen NVWA en zaadfirma’s.

Van Vaerenbergh: “De zaadbedrijven hebben een punt dat je eerst een zeer uitgebreide databank moet hebben met genetische profielen en niet alle landen zitten nu in de collecties of ze zijn onvoldoende aanwezig, maar het moet mogelijk zijn deze mettertijd op te bouwen. De isolaten die de zaadfirma’s zelf hebben van de productielocaties zijn alvast nodig als benchmark.”

Onderzoek

Besmettingen op exotische productieplaatsen hoeven niet gemeld te worden bij de NVWA omdat het om besmettingen gaat buiten de EU. De NVWA wil die gegevens wel gebruiken om beter onderzoek te kunnen doen naar herkomst van besmettingen. “Ik kan me niet voorstellen dat het uitbouwen van zo’n databank buitensporige moeite kost. Er is de laatste tijd nogal wat onderzoek gedaan over de genetische variatie van Clavibacter in ondermeer Uruguay, Mexico en de VS. Het is gepubliceerd onderzoek en die isolaten zijn derhalve ook beschikbaar. Verder heeft NAKtuinbouw zelf een heel aantrekkelijke databank met enkele honderden profielen, onder meer uit landen waarvan officieel niet gekend is dat Clavibacter er aanwezig is.”

Detectie

Op EU-niveau wordt nog veel nadruk gelegd op detectiemethode, maar de enige manier om de herkomst van een besmetting in de kas te vinden is om deze te koppelen aan een database van isolaten van besmettingen in productielocaties, stelt de Clavibacter-onderzoeker. “Wij hebben zelf ook een vrij omvangrijke hoeveelheid data van Clavibacter uit Vlaanderen en uit collecties maar er zitten blinde vlekken in de databank, zoals isolaten uit China. Toch is zo’n blinde vlek van belang want we tonen dan aan dat het isolaat uit een ‘nieuw’ gebied kan komen, zoals voor de Clavibacter uit Vlaanderen in de periode 2010 tot 2012. Om zo’n nieuw gebied dan te herkennen is de inbreng van de zaadfirma’s wel broodnodig. Dat zou trouwens ook passen in de GSPP filosofie”.

Methode

Europese samenwerking begint met het afstemmen van detectiemethodes, stelt de onderzoeker. Er zijn zo’n drie belangrijke profielmethoden: AFLP, MLVA en MLST. “Die moeten worden vergeleken want elk heeft wel voor- en nadelen. Er kan ook worden gedacht aan een databank met web interface zodat consultatie wereldwijd mogelijk is.”