Bedrijven uit de topsector tuinbouw en uitgangsmateriaal profiteren relatief beperkt van de fiscale innovatieregeling genaamd innovatiebox.
Het gedeelte van de winst uit bijvoorbeeld kwekersrechten of octrooi mag van de winst afgetrokken worden. Uit onderzoek van Dialogic voor het Ministerie van Financiën blijkt dat de tuinbouw en sector voor uitgangsmateriaal voor zes miljoen euro aan belastingvoordeel genoot van deze regeling, terwijl de regeling goed was in 2012 voor 688 miljoen euro. In de topsector agrofood werd voor 61 miljoen euro aangevraagd en toegekend. Er waren 54 bedrijven in de tuinbouw en sector voor uitgangsmateriaal die zo’n fiscale aanvraag deden.
Uit het onderzoek blijkt dat van elke euro belastingvermindering door gebruik van de innovatiebox er 54 eurocent extra aan onderzoek en innovatie wordt besteed door de innovatieboxgebruiker. Hiermee is ook het budgettaire beslag van de regeling, die een open einde kent, sterk toegenomen van 52 miljoen euro in 2008 tot 697 miljoen euro in 2012.